Сотовая рыба-коробка — это оппортунистический бентосный хищник и травоядный, питающийся строго днём. Её рацион состоит из широкого спектра мелких морских беспозвоночных, сидячих рифовых организмов и растительного материала. Основные объекты питания включают морских червей, мелких ракообразных, таких как креветки, оболочников, губок, мягкие кораллы (альционарии) и различные виды водорослей, прикреплённых к рифовому субстрату.
Чтобы добыть пищу, рыба использует специализированную технику кормления, приспособленную к её маленькому, выдвижному рту и коническим зубам. Она непосредственно пасётся на неподвижных организмах, таких как губки и оболочники, растущие на коралловых структурах. В поисках скрытой добычи, зарытой в мягком осадке, сотовая рыба-коробка зависает близко к морскому дну и выпускает струи воды изо рта, чтобы сдуть рыхлый песок, обнаруживая скрытых беспозвоночных и червей. Поскольку рыба имеет ограниченную скорость плавания из-за своего жёсткого панциря, она нацеливается на медленно движущихся или сидячих организмов, которые требуют малой погони, что позволяет ей поддерживать энергоэффективную стратегию питания в течение светлого времени суток.